Létezik egy egyetemes igazság, melyet minden család tud, bárhol a világon. Amikor kisbaba érkezik a házba - ő lesz a főnök. Az idősebb gyerek számára ez vagy totális áldás, vagy totális átok.
Pontosan ez történt Tim Templetonnal az első filmben. Egyetlen gyermek volt, két klassz szülővel és túlpörgetett képzelőerővel. Amikor a szülei este ágyba dugták, kapott tőlük öt mesét, három ölelést, és egy saját dalt. Egy este megkérdezték, mit szólna, ha lenne egy kisöccse vagy kishúga.
Azt mondta: „Nem, köszi.”
Ám mind tudjuk, hogy az övé lett a történelem legkülönlegesebb öcsikéje. Három részes öltönyben állított be, kaplis cipőben, aktatáskával. Láthattuk minden idők legnagyobb testvérviszályát. Azt is megtudtuk, honnét jönnek a kisbabák. Egy Bébi Rt. nevű helyről, ahol Bébi úr a vezérigazgató. A film többnyire Tim élénk fantáziájának krónikája volt, de a két testvér megtanulta elfogadni és szeretni egymást, és azt, hogy egymásra vannak utalva. A film végén láttuk, hogy Tim mesélte ezt a történetet - már szülőként - a lányának, mert közeledett a kistestvér.
A Bébi úr – Családi ügy ott folytatja, ahol az első film befejeződött. A fivérek már felnőtt férfiak, de testvéri viszályuk felnőttkorban is folytatódik. Alig beszélnek egymással. Tim abban a házban él a családjával, ahol felnőtt. Otthon ülő apuka, és még mindig élénk a fantáziája. Feleségül vette Carolt, és két lányuk van. Az idősebb Tabitha, a fiatalabb Tina.
Ted menő üzletember, és szupersikeres. Semmire sem emlékszik abból, hogy ő volt a Bébi úr, de az első filmben arról álmodott, hogy sarokirodája lesz saját, külön bejáratú vécével. Nos, most hatalmas irodája van, saját fürdőszobával. Sajnos annyira beletemetkezik a munkájába, hogy nincsen ideje a családi eseményekre. Hogy ezt jóvátegye, „Ted bácsi” különleges és drága ajándékokat küld az unokahúgainak.
Tim egy nap zajt hall Tina szobájából. Kiderül, hogy Tina kosztümöt visel, és a központtal beszél a mobilján. Benne van a családi bizniszben - ő is bébi főnök, pont ahogy Ted bácsikája is az volt.
Úgy néz ki, krízis van a Bébi Rt-nél, és szükségük van Bébi úr (Ted bácsi) segítségére. Mivel nem sikerül meggyőznie hitetlenkedő nagybátyját és apját, Tina előkap két cumit, és a fivérek szájába dugja - és ezzel visszaküldi őket (gyerekekként) egy nagyon más Bébi Rt-be, mint amire Ted emlékezett 25 évvel ezelőttről…